Akademik Veri Yönetim Sistemi
Toraman B., Fidan S. (Yürütücü), Yıldız G., Konca C.
TÜBİTAK Projesi, 2023 - 2026
| İnflamatuar bağırsak hastalığı (İBH) genel olarak Crohn hastalığı (CH) ve ülseratif kolit (ÜK) olarak iki gruba ayrılmaktadır. CH tüm gastrointestinal sistemi etkilerken ÜK, kolon ve rektum mukozasıyla sınırlıdır. ÜK’nin insidansı ve prevalası tüm dünyada sanayileşmeyle birlikte artış göstermiştir. ÜK’nin nedeni tam olarak bilinmemekle birlikte immün sistem (oto-immünite), bağırsak florası, beslenme, çevresel risk faktörlerinin (ilaçlar, stres, v.s.) ve genetik yapının birlikte etkili olduğu kompleks bir hastalıktır. ÜK’li hastaların %8-14'ünde ailede İBH öyküsü vardır ve birinci derece akrabaların hastalığa yakalanma riskinin genel popülasyona göre dört kat fazla olduğu belirtilmektedir. Kompleks hastalıkların genetik risk faktörleri genetik ilişki çalışmalarıyla araştırılmaktadır. Genetik ilişki çalışmaları ailesel ya da toplum bazlı (vaka-kontrol) düzenlenerek gerçekleştirilebilmektedir. Toplum bazlı vaka-kontrol çalışmaları temelde iki yöntemle gerçekleştirilmektedir: Birincisi, hipotez bağımsız genom-boyu ilişki çalışmaları (GWAS), ikincisi de hipoteze dayalı hedef (aday) gen ilişki çalışmalarıdır (CGAS). Bu projede Trefoil Faktör-3 (TFF3) ve Beta-1,3- Galaktosiltransferaz-5 (B3GALT5) genleri ve bu genlerin ekspresyonlarını kontrol eden regülatör diziler üzerindeki genetik varyantların (SNP’lerin) ÜK genetik etiyolojisindeki etkilerini araştırmayı amaçlamaktayız. Bildiğimiz kadarıyla B3GALT5 ve TFF3 genleri ve ÜK ilişkisi üzerine bir çalışma literatürde bulunmamaktadır. Bu açıdan çalışamamız oldukça özgündür. Bu çalışma 200 ÜK hastası ve 400 sağlıklı kontrol (toplam 600 birey) üzerinde CGAS yaklaşımıyla gerçekleştirilecektir. Bu genlerin ekspresyonlarını kontrol eden regülatör diziler (enhensır/promotor) ve genetik koordinatları çeşitli veri bankaları aracılığıyla belirlenmiştir. TFF3 ve B3GALT5 genlerinde belirlenen regülatör ve kodlayan bölgeler Long-PCR yöntemi ile çoğaltılacak, çoğaltılan ürünler hedefli yeni nesil dizileme (targeted next generation sequencing) yöntemiyle dizilenecek ve bu bölgelerdeki varyantların biyoinformatik araçlarla VCF formatında varyant listeleri oluşturulacaktır. VCF dosyaları PED ve FAM dosyalarına dönüştürülerek genetik ilişki çalışmamızın sonuçları PLINK (v1.90) ve Haploview (v4.2) programları ile analiz edilecektir. Bu proje önerisi 6 iş paketinden ve riskli görülen iş paketlerinin de alternatif B planlarından oluşmaktadır. Yoğun bir literatür, veri-bankası ve biyoinformatik yöntem taraması sonucunda hazırlanan bu proje sonucunda seçilen genlerin ÜK genetik etiyolojisinde etkilerinin olduğunun ortaya çıkmasının literatüre katkı ve olası biyo-ürün geliştirilmesi süreçlerinde yaygın etkileri olacaktır |