Akademik Veri Yönetim Sistemi
NALÇACIOĞLU R. (Yürütücü), DEMİRBAĞ Z., MURATOĞLU H.
TÜBİTAK Projesi, Devam Ediyor
Iridovirüs
Potansiyel Matriks Proteininin (415R) Fonksiyonel Analizi
Chilo iridescent virus
(CIV), DNA genomlu bir böcek virüsüdür. Çok sayıda zararlı böcek üzerinde
enfeksiyon oluşturabildiği için biyopestisit olarak kullanılabilme potansiyeli
vardır. Ayrıca memeli hücrelerine girebildiği fakat replike olmadığı için tıbbi
araştırmalarda kullanılmaktadır. Proteomik çalışmalar CIV’nin 54 proteinden
oluştuğunu göstermiştir. Yapısal proteinler arasındaki etkileşimlere göre, 415R
kodlu ORF potansiyel zarf proteini 118L ve major kapsit proteini 274L ile
karşılıklı olarak etkileşime girmektedir. Bu sonuç, 415R'nin kapsit ve zarf
proteinleri arasında köprü görevi yapan bir matriks proteini olabileceğini
düşündürmektedir. Matriks proteinleri, virüs oluşumunda ve virüsün tomurcuklanarak
hücreden salınmasında önemli rollere sahiptir.
Projede, 415R proteininin fonksiyonu
ve virüs yapısındaki pozisyonu analiz edilmiştir. Fonksiyonel analiz, 415R'nin hem
viral genomdan silinmesi hem de enfekte böcek hücrelerinde ekspresyonunun dsRNA
ile susturulması deneyleriyle gerçekleştirilmiştir. 415R CIV genomundan homolog
rekombinasyon yöntemiyle silinerek yerine yeşil floresan protein (gfp) geni yerleştirilmiştir.
Bununla birlikte, rekombinant CIV, yaban tip virüsten saflaştırılamamıştır. Bu
sonuç 415R proteininin virüs için önemli bir protein olduğunu göstermiştir. Ardından
415R geni, RNA interferans tekniği ile analiz edilmiş ve genin susturulmasının
yeni virüs oluşumunu azalttığı belirlenmiştir.
415R proteininin viriyon
yapısındaki pozisyonu western ve immungold elektron mikroskobu analizleri ile
araştırılmıştır. Her iki yöntemde 415R proteininin viral zarf
uzaklaştırıldıktan sonra nükleokapsid ile birlikte bulunduğunu göstermiştir.
415R’nin dsRNA ile susturulması, virüse ait diğer
genlerin de transkripsiyon seviyelerini düşürmüştür. Son olarak yapılan elektron
mikroskobu incelemeleri, 415R spesifik dsRNA uygulamasının zarfsız virüs oluşmasına
neden olduğunu göstermiştir.
Elde ettiğimiz sonuçlar, CIV
415R proteininin virüs replikasyonu için gerekli olduğunu ve konum olarak viral
zarf ile kapsit arasında bulunduğunu dolayısı ile viral matriks proteini
olduğunu göstermiştir.
Anahtar Kelimeler: Chilo
iridescent virüs, matriks proteini, fonksiyonel analiz