Tarihsel seyri itibariyle günümüze kadar yaşanan trajedi ve zorluklar Sudan’ı Afrika’nın zor coğrafyalarından biri haline getirmiş ve kıtadaki diğer örneklerinde olduğu gibi olumsuz gelişmelerle birlikte gündemde kalmasına neden olmuştur. 1989 öncesi coğrafyanın karşılaştığı zorluklar ve gelişmeler çok boyutlu bir çıkmazın Sudan tarihi için de öngörülebilir olacağını gözler önüne sermişti. Bugüne kadar geçen süre zarfında, ağırlıklı olarak Müslümanların yaşadığı Kuzey ile Hıristiyanların yaşadığı Güney arasındaki iç savaş Sudan’da sürekli bir olağanüstü hali ortaya çıkardı. Çatışma ve olağanüstü durum esas olarak hükümetin güney eyaletlerine büyük miktarda özerklik veren Addis Ababa Anlaşması’nı bozma kararı üzerine sürdürülmüştür. Hükümet, Sudan’ın tamamına yeni yasalar getirmeye çalıştığında güney birlikleri isyan etmişler ve uzun yıllar sürecek olan, kuzey ile güney sınırındaki saldırılar Mavi Nil ve Nuba Dağları gibi kritik bölgelere de taşarak süreci çıkmaza sokmuştur.

Kuraklık, kıtlık ve daha da şiddetlenen çatışmalar neticesinde yüz binlerce Sudanlı, hükümet ile Sudan Halk Kurtuluş Ordusu (SPLA) isyancıları arasında kalarak hayatını kaybetmiş ya da yurtlarından olmuştur. Dönemin Devlet Başkanı Gaafar Nimeiry devrilip yeni bir hükümet kurulduğunda SPLA ile Sudan’daki birkaç siyasi parti arasında müzakereler gerçekleşirken dahi çatışmalar devam etmiştir. Bu gelişmeler ortak kaderi paylaşan bölge ülkeleri gibi Afrika’da başta insan hakları olmak üzere büyük bir trajedinin yaşandığı yeni bir coğrafyayı tarih sahnesine eklemiştir.

Sudan’ın bütünündeki çatışmalar sadece Kuzey ve Güney eksenli olarak gündemi meşgul etmemiştir. Batı Sudan’daki Darfur bölgesi de çözümü zor bir alan olarak coğrafyayı zorlayan iç çatışmanın başka bir örneğidir. Darfur’daki çatışmalar 2003 yılında, isyancıların Batı bölgesinin ve Arap olmayan nüfusun umursanmadığı iddiaları ile hükümete karşı başlatılmıştır. Bu tepkiye karşı hükümet, Darfur’daki isyancılara karşılık vermek için Janjaweed (ya da bilinen adıyla Jingaweit) olarak bilinen Arap milislerini desteklemiş ve askeri olarak yardım etmiştir. Ancak milisler bölgedeki sivillere de şiddet uygulamaya başlamış ve uluslararası yardım/gözlem kuruluşlarının ihtiyaç duyulan yiyecek ve tıbbi malzemelerinin ulaşımını engellemiştir. 2004 ateşkesine ve ardından Afrika Birliği (African Union-AU)’nin askeri varlığına rağmen, 2007 yılına kadar süren çatışma ve ortaya çıkan insani kriz yüzbinlerce insanın ölümüne ve iki milyondan fazla insanın göçüne sahne olmuştur. 31 Temmuz 2007’de Birleşmiş Milletler (BM) Güvenlik Konseyi, AU ile birlikte var olan misyonun yerini almak üzere BM-AU barışı koruma misyonu olan UNAMID’i oluşturmuştur.