Escherichia coli Genotiplerinin PFGE ile Belirlenmesi


Öztürk R. Ç. , Çapkın E., Altınok İ., Terzi E., Altuntaş S.

5. Ulusal Deniz Bilimleri Konferansı, Trabzon, Turkey, 1 - 03 June 2022, pp.195-196

  • Publication Type: Conference Paper / Summary Text
  • City: Trabzon
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.195-196

Abstract

Araştırmada, Trabzon ve Rize illerindeki tatlı sularda bulunan gökkuşağı alabalığı tesisinin giriş– çıkışındaki su ve sedimentten izole edilen Escherichia coli izolatlarının eritromisin (ereA ve ereB geni) ve florfenikol (florR geni) dirençliliklerine göre genotipik yanının değişip değişmediği belirlenmiştir. Bu bağlamda genomik DNA’lar XbaI ve ApaI restriksiyon enzimleri ile kesilerek pulse field jel elektroforez (PFGE)’de yürütülmüştür. XbaI enzimi ile kesildikten sonra yapılan PFGE analizi sonucunda genomik DNA’larının benzerlik oranları %93 baz alındığında 4 temel kümede (X1-X4) gruplandırılmıştır. Bu sonuçlara göre tüm izolatlar arası benzerlik oranları %79.1 bulunmuştur. ApaI enzimi ile kesildikten sonra yapılan PFGE analizi sonucunda çalışılan suşlar yine 4 temel kümede (A1-A4) gruplandırılmıştır. A1 kümesi en büyük küme olup bünyesinde toplam suşların %51’ini barındırmaktadır. Antibiyotik direnç genlerine bakılan E. coli izolatlarında en fazla ereB direnç geni belirlenirken ereA, ereB ve florR geni varlıkları ile PFGE genotipi arasınd bir ilişkiye rastlanmamıştır.

Anahtar Kelimeler: E. coli, PFGE, Kesici Enzim, Antibiyotik Direnç Geni.