Akademik Veri Yönetim Sistemi
TPD 54. Uluslararası Bilimsel Kongresi ve 32. Bilimsel Sempozyumu, Ankara, Türkiye, 14 - 16 Kasım 2025, ss.172, (Tam Metin Bildiri)
edodonti Ana Bilim Dalı, Trabzon Amaç: Porphyromonas gingivalis (P. gingivalis)’in başlıca virülans faktörlerinden biri olan R gingipain B (RgpB) enzimi, periodontal dokularda inflamasyonun ilerlemesinde kritik rol oynamaktadır. Bu çalışmada, çeşitli fitoterapötiklerin, antibiyotiklerin ve klorheksidin’in (CHX) RgpB enzimi üzerindeki potansiyel inhibitör etkilerinin in silico moleküler kenetlenme yöntemiyle değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç-Yöntem: P. gingivalis’in RgpB enzimi üzerindeki potansiyel inhibitör aktivitelerinin çeşitli fitoterapötik bileşikler, antibiyotikler ve CHX ile meydana getirdiği protein–ligand etkileşimleri, moleküler kenetlenme yöntemi kullanılarak karşılaştırmalı olarak değerlendirildi. Ayrıca çalışmaya dahil olan tüm bileşiklerin farmakokinetik ve toksikolojik özelliklerini değerlendirmek amacıyla absorbsiyon, dağılım, metabolizma, emilim ve toksisite (ADMET) analizi uygulandı. Bulgular: Çalışmamızın sonuçları, üç önemli fitoteropatik bileşiğin (Epigallokateşin-3-O-gallat, CHEMBL264938 ve Rosmarinik asit), P. gingivalis RgpB enzimine karşı pozitif kontrol olarak kullanılan antibiyotiklerle benzer bağlanma enerjisi gösterdiğini (sırasıyla –9.16, –9.03 ve –8.18 kcal/ mol), özellikle CHEMBL297453 (Epigallokateşin-3-O-gallat) ve CHEMBL264938 bileşiklerinin P. gingivalis RgpB enzimi üzerine güçlü inhibitör etki sergilediğini ortaya koymaktadır. CHX, –10.47 kcal/mol’lük kenetlenme skoru ile, tüm bileşikler arasında en yüksek bağlanma afinitesi göstermiştir. Bunun yanı sıra, ADMET analizinin sonuçları; çalışmada incelenen bileşikler arasında CHX, epigallokateşin-3-O-gallat ve moleküler benzeri hariç diğer bileşiklerin Lipinski’nin Beş Kuralı’na uyduğunu ortaya koymuştur. Sonuç: Elde ettiğimiz bulgular, moleküler kenetlenme ve ADMET analizi değerlendirmelerini olumlu yönde karşılayan fitotörepatik bileşiklerin farmakokinetik açıdan da umut verici olduğunu ve standart antibiyotiklere ek veya alternatif olarak kullanılabileceğini göstermektedir.
Purpose: The RgpB enzyme, a major virulence factor of Porphyromonas gingivalis (P. gingivalis), plays a central role in the progression of periodontal inflammation. This study aimed to evaluate the potential inhibitory effects of selected phytotherapeutic compounds, antibiotics, and chlorhexidine (CHX) on the RgpB enzyme using in silico molecular docking analysis. Material-Methods: Molecular docking was used to investigate protein–ligand interactions between the RgpB enzyme and the selected phytotherapeutic compounds, antibiotics, and CHX. Additionally, pharmacokinetic and toxicological properties were assessed through absorption, distribution, metabolism, excretion, and toxicity (ADMET) analysis. Results: Three phytotherapeutic compounds— Epigallocatechin-3-O-gallate, CHEMBL264938, and Rosmarinic acid—showed binding affinities (–9.16, –9.03, and –8.18 kcal/mol, respectively) comparable to those of the antibiotics. CHEMBL297453 and CHEMBL264938 demonstrated particularly strong inhibitory potential against the RgpB enzyme. CHX exhibited the highest binding affinity with a docking score of –10.47 kcal/mol. ADMET analysis revealed that all compounds, except CHX, epigallocatechin3-O-gallate, and its analogs, complied with Lipinski’s Rule of Five, indicating acceptable pharmacokinetic properties. Conclusion: The findings of this study indicate that certain phytotherapeutic compounds, which demonstrated favorable results in both molecular docking and ADMET analyses, also exhibit promising pharmacokinetic properties. These compounds may be considered as potential adjuncts or alternatives to conventional antibiotics for targeting the RgpB enzyme in periodontal therapy.