İmmünoreseptör Tirozin Bazlı MotiflerÜzerine Bir Çalışma

Turhan K., Özdemir S., Zihni N. B., Kalaycı M. E., Ünsal S.

14. Tıp Bilişimi Kongresi, İzmir, Türkiye, 16 - 18 Mart 2023, ss.124-127

Yayın Türü: Bildiri / Özet Bildiri
Basıldığı Şehir: İzmir
Basıldığı Ülke: Türkiye
Sayfa Sayıları: ss.124-127
Karadeniz Teknik Üniversitesi Adresli: Evet

Hücre tipine ve özel koşullara bağlı olarak bağışıklık sistemini aktive eden, inhibe eden ve uyaran immün reseptör sinyal proteinleri üzerinde bulunan sitoplazmik tirozin yapı desenleri üç farklı formda karşımıza çıkmaktadır[1]. İmmün reseptör tirozin bazlı inhibisyon motifi (ITIM), FcgRIIB'nin intrasitoplazmik alanında tanımlanmıştır ve geniş doku dağılımı gösterir. ITIM'ler, I/V/LxYxxL/V (V:Valin, Y:Tirozin) konsensüs dizisidir ve Y+3 pozisyonunda bir tirozini bir hidrofobik kalıntı (I, V veya L) takip eder ve bunu Y-2 pozisyonunda daha az korunmuş bir hidrofobik kalıntı takip eder ( L: Lösin, I: İzolösin, x: Herhangi bir amino asit). İmmünoreseptör tirozin bazlı aktivasyon motifi (ITAM) çok alt birimli T-hücre reseptörlerinde (TCR'ler), B-hücre reseptörlerinde (BCR'ler) ve Fc reseptörlerinde (FcR'ler) bulunur [2]. ITAM'lar, aralarında altı ila sekiz kalıntı bulunan YxxL/I dizisinin 2 kopyasını içerir [3]. İmmünoreseptör tirozin bazlı anahtar motifi (ITSM), CD150 reseptörünün hücre içi domaininde, TxYxxL/V (T: Treonin) olarak tanımlanmıştır. Çoğu reseptörde, ITIM'ler ve ITSM'ler arasında yaklaşık 15 ila 30 amino asitlik zayıf bir şekilde korunmuş bir diziden sonra tekrarlanır [4]. Ayrıca, bazı virüslerin hücre içi sinyalizasyonda büyük önem taşıyan ITAM motifleri içerdiği bilinmektedir [5]. Bu çalışmada insan proteomu üzerinde 3 motif taranmıştır. Öncelikle bağışıklık sistemi tarafından kısıtlanan motifler için bağışıklık sistemindeki sinyalizasyonu etkileyebilecek aday proteinler üzerinde çalışmalar yapılmalıdır. Çalışmanın özellikle kişiselleştirilmiş kanser immünoterapisinde sınıflandırma tabanlı yaklaşımlarda veri setlerinin oluşturulmasında yol gösterici olması beklenmektedir.

The cytoplasmic tyrosine structure patterns presented on immune receptor signaling proteins that activate, inhibit, and stimulate the immune system in depending on the cell type and particular conditions come in three different forms[1]. The immunoreceptor tyrosine-based inhibition motif (ITIM) has been identified in the intracytoplasmic domain of FcgRIIB and shows wide tissue distribution. ITIMs are the consensus sequence I/V/LxYxxL/V (V:Valine, Y:Tyrosine) with a tyrosine followed by a hydrophobic residue (I, V, or L) at the Y+3 position, followed by a less conserved hydrophobic residue at the Y-2 position (L: Leucine, I: Isoleucine, x: Any amino acid). The immunoreceptor tyrosine-based activation motif (ITAM) is found in multisubunit T-cell receptors (TCRs), B-cell receptors (BCRs), and Fc receptors (FcRs) [2]. ITAMs contain 2 copies of the YxxL/I sequence with six to eight residues among them [3]. The immunoreceptor tyrosine-based switch motif (ITSM) has been identified in the intracellular domain of the CD150 receptor, TxYxxL/V (T: Threonine). In most receptors, ITIMs and ITSMs are repeated after a weakly conserved sequence of about 15 to 30 amino acids between motifs [4]. Also, It is known that some viruses contain ITAM motifs, which are of great importance in intracellular signaling [5]. In this study, 3 motifs were screened on the human proteome. First of all, studies should be conducted on candidate proteins that may affect the signalization in the immune system for immune system-restricted motifs. The study is expected to be instructive in generating datasets in classification-based approaches, especially in personalized cancer immunotherapy.