Doğuştan immün kusuru olan hastaların genetik analiz sonuçlarının retrospektif değerlendirilmesi
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Karadeniz Teknik Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Dahili Tıp, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: MEHMET GÖKCÜ
Danışman: Alper Han Çebi
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:AMAÇ: İmmün sistem doğuştan kusuru (İSDK) ön tanısıyla başvuran hastalarda uygulanan genetik tetkik sonuçlarını inceleyerek, gelişen teknolojilerle birlikte genetik test yöntemlerinin hastaların teşhisinde sağladığı somut katkısını belirlemeyi ve yeni nesil dizileme yöntemlerinin, özellikle Tüm Ekzom Sekanslamanın (Whole Exome Sequencing,WES) hedef bir hastalık / gen tespit edilemediği durumlarda etkinliğini değerlendirmeyi amaçladık. YÖNTEM: 2015 başı ve 2020 yılı sonuna kadar İSDK ön tanısıyla başvuran hastalardan genetik testler yapılan toplam 255 hastaya ait analiz sonuçları geriye dönük olarak ve literatür verileriyle kıyaslanarak incelendi. BULGULAR: Genetik analizleri yapılan 255 hastanın 155'i erkek (%60), 100'ü kız (%40) hastaydı. Klinik olarak DiGeorge Sendromu (DGS) düşünülen 9 hastada yapılan FISH analizi sonucunda 3 hastada 22q11 bölgesinde delesyon tespit edilerek DGS tanı koyuldu. Klinik özellikleriyle hedef genler belirlenen 206 hastada tek gen analizleri yapılarak 29 hastada kliniği açıkladığı düşünülen sonuçlara ulaşılmıştı. Tek gen analizi yapılan 9 hastada nokta mutasyon saptanmazken eş zamanlı FANCA geni MLPA analizi yapılarak 4 hastada delesyon tespit edilerek Fankoni anemisi tanısı koyuldu. Tek gen analizleri sonucunda tanı koyulamayan hastalardan şartları sağlayan hasta ve doğrudan WES analizi yapılan 40 hasta olmak üzere toplam 71 hastada uygulanan WES analizi sonucunda 22 hastaya tanı koyulabilmişti. SONUÇ: Klinik ve genetik heterojenitesi dikkate alındığında, İSDK'lı hastaların doğru takibi ve tedavisi için moleküler tanı koymak vazgeçilmezdir. Klinik özellikleriyle iyi tanımlanabilen hastalarda hedef genlerin belirlenebilmesiyle kısa sürede tanı koyulabilirken fenotip ve genotip heterojenitesinden dolayı hastaların büyük çoğunluğunda İSDK ile ilişkili tüm genleri kapsayan çalışmaların yapılması gerekmektedir. Bilinen ve yeni tüm genlerdeki varyantlarının değerlendirilmesini, elde edilen panogromik bakış açısı ile varyantların kümülatif yorumlanmasını, güncellenmiş bilgilerle yeniden analiz yapılabilmesini ve biyoinformatik araçların entegre edilmesiyle hastalıkla ilişkili genlerdeki yapısal varyasyonların tahmin edilmesini sağlayan özellikleri göz önüne alındığında tüm ekzom dizilime, İSDK kuşkusu olan hastaların teşhisinde etkili bir araçtır. Anahtar Kelimeler: immün yetmezlik, yeni nesil dizileme, WES