Klinik örneklerden izole edilen corynebacterium suşlarında antibiyotik dirençliliğinin moleküler karakterizasyonu
Tezin Türü: Tıpta Uzmanlık
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Karadeniz Teknik Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Temel Tıp, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2021
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: YAŞAR FAİK İSKEFYELİ
Danışman: ALİ OSMAN KILIÇ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Amaç: Bu çalışmada, Karadeniz Teknik Üniversitesi, Tıp Fakültesi Farabi Hastanesi, Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına Ocak 2017- Şubat 2020 tarihlerinde değişik kliniklerden gönderilen çeşitli örneklerden klinik etken olarak izole edilmiş Corynebacterium cinsine ait 117 suşun antibiyotik dirençliliğinin moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Metod: Bakteri identifikasyonu MALDI-TOF MS ile gerçekleştirilmiştir. Antibiyotik direnç genlerinin moleküler karakterizasyonu için tüm suşlarda EUCAST önerileri doğrultusunda KirbyBauer disk difüzyon yöntemiyle eritromisin, klindamisin, penisilin, siprofloksasin, gentamisin ile tetrasiklin, rifampisin, vankomisin ve linezolid dirençliliği fenotipik olarak gösterilmesini takiben bu antibiyotiklere dirençten sorumlu genlerin (ermB, ermX, ermA, ampC , mefA/E, gyrA, tetM, acc(3)-XI) varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ve kinolon direncinden sorumlu gyrA geni mutasyonları DNA dizi analizi ile saptandı. Sonuç: Şusların 46'sı (%39,3) solunum yolu örneklerinden, 38'i (%32.4) yoğun bakım ünitelerinden izole edilmiş ve 95'i (%81) C. striatum olarak tanımlanmıştır. Şusların 114'ü (%97,4) penisilin ve siprofloksasin, 112'si (%95,7) klindamisin, 105'i (%90,5) tetrasiklin 89'u (%76) gentamisin, ve 68'i (%58,1) eritromisin dirençli olup vankomisin ve linezolide duyarlılık %100 saptanmıştır. Şusların 116'sında (%99,1) ermX, 10'unda (%8,5) ermB ve 103'ünde (%88,1) acc(3)-XI gen varlığı gösterilmiş olup ermA, tetM, ampC ve mefA/E genleri saptanmamıştır. Şusların 50'sinde (%42,7) gryA genlerindeki mutasyonlar taranmış ve 17'sinde (%33,3) 87-fenilalanin ve 91-alanin mutasyonu; 22'sinde (%43,1) ise 87-fenilalanin ve 91-glisin mutasyonu tespit edilmiştir. Bir C. striatum ile beş C. aurimucosum suşunun gyrA genlerinin 99-prolin mutasyonu literatürde ilk kez bu çalışmada tespit edilmiş olup, bu mutasyonla beraber 87-izolösin mutasyonunun, tek başına 99-prolin mutasyonuna göre siprofloksasin ve moksifloksasin MİK değerini arttırdığı gözlenmiştir. Bu mutasyon 87-valin mutasyonu ile meydana geldiğinde ise tek başına 99-prolin mutasyonuna göre siprofloksasin ve moksifloksasin MİK değerini düşürdüğü saptanmıştır.