pAnox1 plazmitinin replikatif özelliklerinin in siliko ve in vitro deneylerle analizi

---

Tezin Türü: Yüksek Lisans

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Karadeniz Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2024

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: HATİCE AYYILDIZ

Danışman: Halil İbrahim Güler

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Bu çalışmada, Anoxybacillus gonensis 05S15 bakterisinin barındırdığı bir plazmit olan pAnox1'in kodladığı transkriptlerin in siliko ve in vitro analizler ile replikatif özellikleri araştırılmıştır. pAnox1 plazmiti tarafından kodlandığı bilinen 3 transkript (ORF-1, ORF-3, ORF-5) için in siliko ve in vitro analizler gerçekleştirildi. Transkriptlerin proteine dönüşüp dönüşmediğinin belirlenmesi için yapılan çalışmalarda; plazmit curing, SDS-PAGE ve gümüş boyama analizleri sonucunda ORF-1 transkriptin bir protein kodladığı belirlendi ancak ORF-3 ve ORF-5 transkriptlerinin proteine dönüşüp dönüşmediği belirlenemedi. pAnox1 tarafından kodlanan ORF-1 transkriptin 903 bp, ORF-3 transkriptin 499 bp, ORF-5 transkriptin 211 bp kodladığı ortaya çıkarıldı. Kantitatif gerçek zamanlı PCR ile pAnox1'in hücre içindeki kopya sayısı yaklaşık olarak 127±2 olarak tespit edildi. pAnox1'in replikasyondan sorumlu proteini pET28a(+) vektörüne klonlandı, E.coli'de overekspres edildi ve saflaştırıldı. Biyoinformatik biyoinformatik analizler ve Docking simülasyonları ile plazmitin ori bölgesi, düzenleyici bölgeleri, Rep proteninin bağlanma özellikleri tespit edildi. Yapılan analiz sonucunda ORF-1 tarafından kodlanan transkriptin 37,3 kDa (313 aa) büyüklüğünde, ORF-3' ün 8,16 kDa (71 aa) büyüklüğünde ve ORF-5'in 7,59 kDa (67 aa) büyüklüğünde proteinler oluşturabileceği belirlendi.