Kan kültürlerinden izole edilen Escherichia coli suşlarında integron gen kasetlerinin moleküler karakterizasyonu
Tezin Türü: Doktora
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Karadeniz Teknik Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2017
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: AHU REİS
Danışman: ALİ OSMAN KILIÇ
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Antibiyotiklerin insan sağlığında çok önemli rol oynadıkları bilinmektedir. Fakat yanlış ve aşırı kullanılmaları sonucu dirençli bakterilerin artışına ve direnç genlerinin hızlı bir şekilde yayılması ile beraber pek çok bakterinin çoklu antibiyotik dirençli olmasına yol açmaktadır. Kazanılan bu direnç plazmid, transpozon ve integron gibi çeşitli hareketli genetik elemanlarla bakteriler arasında yayılmaktadır. İntegronlar birçok antibiyotik direnç determinantını kodlayan, belirli gen kasetlerini taşıma veya entegre olma yeteneğine sahip genetik elemanlardır. Bu çalışmada Karadeniz Teknik Üniversitesi Tıp Fakültesi Farabi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Eğitim ve Hizmet Laboratuvarı'na Ocak - Aralık 2014 tarihleri arasında gönderilen kan kültüründen izole edilen 112 E. coli izolatında integron gen kaset varlığı ve içerdiği direnç paternlerinin belirlenmesi, ayrıca integronların aktarılmalarında rol oynayan konjugatif plazmidlerin varlığının belirlenmesi ve bu plazmidlerin incompatibility (Inc) gruplarının replikon tiplendirme yöntemiyle gruplandırılması amaçlanmıştır. Bu amaçla 112 E. coli izolatında sınıf 1 integrona ait integraz gen bölgesinin belirlenmesi için intI1 genine özgü primerler kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) işlemi gerçekleştirildi. Buna göre 112 E. coli izolatının 51'i (%45.5) intI1 pozitif olarak saptandı. Sınıf 2 integrona ait integraz gen bölgesinin belirlenmesi için intI2 genine özgü primerler kullanılarak yapılan PZR işlemi sonucu 112 E. coli izolatının 7'si (%6.3) intI2 pozitif olarak belirlendi. Sınıf 1 ve sınıf 2 integron varlığının belirlenmesi amacıyla yapılan PZR reaksiyonu sonucu 112 izolatın 38'inde (%33.9) sınıf 1 integron varlığı belirlenirken 13 izolatın boş integron içerdiği belirlendi. Sınıf 2 integron için 112 izolatın 7'sinde (%6.3) sınıf 2 integron varlığı belirlendi. Sınıf 1 integron içeren 38 izolata yapılan sekans analizi sonucu trimetoprim ve streptomisin-spektinomisin direncinden sorumlu dfrA7, dfr17-aadA5, dfrV, dfrA1-aadA1 ve dfrA12-aadA2 olarak adlandırılan 5 tip gen kaseti belirlendi. Sınıf 2 integron amplifikasyonu sonucunda pozitif bulunan 7 izolatın yapılan sekans analizi sonucu dfrA1-sat2-aadA1 ve dfrA1-sat2-aadA30 olarak belirtilen 2 tip gen kaseti bulundu. 14 izolatın sekans analiz sonuç verileri elde edilemedi. Konjugasyon deneyleri sıvıda çiftleşme yöntemiyle gerçekleştirildi. Sınıf 1 ve sınıf 2 integron içeren 45 izolatın donor olarak kullanıldığı konjugasyon deneylerinde 35 E. coli J53-2 transkonjugantı elde edildi. Konjugasyon etkinliklerinin 10-6 ve 10-10 arasında oldukları belirlendi. Otuzbeş transkonjuganttaki plazmitlerin Inc gruplarının belirlenmesi amacıyla yapılan PZR reaksiyon sonucuna göre 6 plazmidin (%17) IncN, 1 plazmidin de (%3) IncQ pozitif olduğu belirlendi. Hiçbir transkonjugantta IncP ve IncW gruplarına ait plazmide rastlanmadı.