Chilo iridescent virüs'e aityapısal proteinler arasındaki moleküler etkileşimler

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Karadeniz Teknik Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2015

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: Emine Özşahin

Asıl Danışman (Eş Danışmanlı Tezler İçin): ZİHNİ DEMİRBAĞ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Iridoviridae familyasına mensup virüsler ekolojik ve ekonomik öneme sahip olan balıklar, iki yaşamlılar, sürüngenler ve omurgasızlar (özellikle böcekler) üzerinde geniş konak spektrumuna sahiptir. Virüs yapısal proteinleri arasındaki etkileşimlerin bilinmesi, viral enfeksiyonun başlaması, yeni virüslerin oluşması ve hücreden salınma mekanizmalarının anlaşılması bakımından büyük önem arz eder. Bu çalışmada, Chilo iridescent virüs'e ait 47 yapısal protein arasında olması muhtemel 2209 etkileşim, maya-iki-hibrit sistemi kullanılarak araştırıldı. Yapısal genler av ve yem vektörlere ayrı ayrı klonlandı. Öncelikle yem vektörler Saccharomyces cerevisiae AH109 suşuna transform edildi. Yem vektörlerdeki genlerin maya hücrelerinde ifadeleri Western blot hibridizasyon analizi ile doğrulandı. Genlerin ifadelerinin belirlendiği maya hücrelerine av vektörler transform edildi. YEM ve AV proteinler arasındaki etkileşimleri tespit etmek için yem ve av vektörlerini birlikte taşıyan maya hücreleri seçici SD (minimal synthetic defined) besiyerine inoküle edildi. Seçici besiyerinde büyüyen koloniler ilgili proteinler arasında pozitif etkileşim olduğunu göstermekterir. 47 yapısal protein arasında 163 etkileşim olduğu belirlendi. Tespit edilen etkileşimlerin interaktom şeması cytoscape programı kullanılarak çizildi. Elde edilen bilgiler virüs enfeksiyonunun başlaması, virüsün inşası ve hücrelerden salınmasına yönelik mekanizmaların anlaşılmasına önemli katkılar sağlayacaktır.