Publications

Articles

From Handcrafted Focus Measurement Operators to Deep Learning: A Comprehensive Review of Shape from Focus Strategies

Doğan R. Ö., Doğan H., Çal S.

ARCHIVES OF COMPUTATIONAL METHODS IN ENGINEERING, vol.1, no.-, pp.1-14, 2026 (SCI-Expanded, Scopus)

Two-phase deep learning method for image fusion-based extended depth of focus

Danışmaz S., Doğan R. Ö., Doğan H.

JOURNAL OF SUPERCOMPUTING, vol.81, no.1298, pp.1-27, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)

Swin transformer-based shape-from-focus technique for accurate 3D shape estimation

Doğan R. Ö., Doğan H., Yılmaz A.

OPTICS AND LASERS IN ENGINEERING, vol.193, pp.109108, 2025 (SCI-Expanded, Scopus)

Kan Hücrelerinin Optimum Odaklı Görüntülenmesi için Derin Öğrenme Tabanlı Yaklaşımın Geliştirilmesi

DOĞU F. T., Danaei Z., DOĞAN H., DOĞAN R. Ö., SEZEN F. S.

KSÜ Mühendislik Bilimleri Dergisi, vol.27, no.4, pp.1465-1476, 2024 (TRDizin)

A higher performance shape from focus strategy based on unsupervised deep learning for 3D shape reconstruction

DOĞAN H.

Multimedia Tools and Applications, vol.83, no.12, pp.35825-35848, 2024 (SCI-Expanded, Scopus)

DL-EDOF: Novel Multi-Focus Image Data Set and Deep Learning-Based Approach for More Accurate and Specimen-Free Extended Depth of Focus

Doğan H., Doğan R. Ö., Ay İ., Sezen F. S.

Journal of Imaging Informatics in Medicine, vol.1, no.37, pp.1991-2013, 2024 (SCI-Expanded)

INVESTIGATION OF EFFECTS OF DEEP FEATURES ON FOCUS VALUES EXTRACTION IN EXTENDED DEPTH OF FOCUS

Danışmaz S., Emir S. N., Doğan H., Doğan R. Ö.

Eskişehir Osmangazi Üniversitesi Mühendislik Mimarlık Fakültesi Dergisi, vol.31, no.3, pp.917-930, 2023 (TRDizin)

Floresan Mikroskop Sistemlerinde Yüksek Doğruluklu Nükleer Segmentasyonu için Otomatik Kodlayıcı Tabanlı Modellerin Geliştirilmesi

Emir S. N., Danışmaz S., DOĞAN H., DOĞAN R. Ö.

Karadeniz Fen Bilimleri Dergisi, vol.13, no.3, pp.801-813, 2023 (TRDizin)

İlaç - İlaç Etkileşimi Tahmini için Konvolüsyonel Sinir Ağı Tabanlı Yeni Bir Yaklaşım

DOĞAN R. Ö., DOĞAN H., SEZEN F. S.

Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, vol.27, no.1, pp.137-144, 2023 (TRDizin)

A New High Quality Focus Measurement Operator Based on Nonsubsampled Shearlet Transform for 3D Shape Reconstruction

DOĞAN H., DOĞAN R. Ö.

Mühendislik bilimleri ve araştırmaları dergisi (Online), vol.5, no.1, pp.9-19, 2023 (TRDizin)

Papers Published in Refereed Scientific Meetings

Deep Learning-Based Image Fusion with Novel Multi-Focus Dataset for Extended Depth of Focus in Microscopy

Doğan R. Ö., Doğu F. T., Santos De Olıveıra N., Kannada I., Doğan H., Sezen F. S.

International Conference on SMART MULTIMEDIA, Paris, France, 19 - 21 December 2025, pp.1-7, (Full Text)

Deep Learning Based Focus Measurement Operator for 3D Imaging in Microscopic Systems

Doğan H., Doğan R. Ö.

31. IEEE Sinyal İşleme ve İletişim Uygulamaları Kurultayı, İstanbul, Turkey, 5 - 08 July 2023, pp.1-4, (Full Text)

Enhanced Multi-Head Self-Attention Transformer-Based Method for Prediction of Drug-Drug Interactions

Cal S., Doğan R. Ö., Doğan H.

2025 13th International Symposium on Digital Forensics and Security (ISDFS), Massachusetts, United States Of America, 24 - 25 April 2025, pp.1-6, (Full Text)

Extracting 3D Structure of Blood Cells Using Shape From Focus Strategies

DOĞU F. T., DOĞAN H., DOĞAN R. Ö., AY İ., SEZEN F. S.

2024 Innovations in Intelligent Systems and Applications Conference (ASYU, Ankara, Turkey, 16 October 2024, (Full Text)

An Efficient Technique based on Deep Learning for Automatic Focusing in Microscopic System

Doğu F. T., Doğan H., Doğan R. Ö., Ay İ., Sezen F. S.

2nd INTERNATIONAL CONGRESS of ELECTRICAL and COMPUTER ENGINEERING, Balıkesir, Turkey, 22 - 25 November 2023, pp.1-6, (Full Text)

An Extensive Study: Creation of A New Inverted Microscope Image Data Set and Improving Auto-Encoder Models for Higher Accuracy Segmentation of HaCaT Cell Culture Line

Sevim Z., DOĞAN H., DEMİR ÖKSÜZ Z., SEZEN F. S., DOĞAN R. Ö.

5th International Congress on Human-Computer Interaction, Optimization and Robotic Applications, 08 June 2023, pp.1-6, (Full Text)

Performance Improvement in Blood Cell Segmentation with Deep Learning-based Image Fusion Approach

Doğu F. T., Doğan H., Doğan R. Ö., Sezen F. S.

8th International Artificial Intelligence and Data Processing Symposium (IDAP’24), Malatya, Turkey, 21 - 22 September 2024, pp.1-6, (Full Text)